Quốc lộ Liên Borneo kết nối Sabah và Sarawak cũng như với Brunei. Đông Malaysia được kết nối với Malaysia Bán đảo qua vận chuyển hàng không với các chuyến bay thường xuyên giữa các thành phố của Đông Malaysia và Malaysia Bán đảo. Các chuyến bay do các hãng Malaysia Airlines (MAS) và AirAsia tiến hành. Sân bay chính của Đông Malaysia là Sân bay quốc tế Kuching và Sân bay quốc tế Kota Kinabalu[13]

Khu vực nông thôn tại Đông Malaysia chỉ có thể tới được bằng dường hàng không hay bằng đường sông. Giao thông đường thủy nội địa đặc biệt phỏ biến tại Sarawak với nhiều con sông lớn và dài đặc biệt là Sông Rajang. Các con thuyền và phà chạy trên sông với vai trò vận chuyển hành khách và giao thương giữa các khu vực nội địa với các đô thị ven biển. Gỗ cũng được vận chuyển bằng đường thủy tại Sarawak.